La population coloniale est parfois frappée par des épidémies de petite vérole et de typhus moins dévastatrices qu'en France. Le corps médical qui soigne les Canadiens est composé d'un petit nombre de médecins, de chirurgiens et d'apothicaires. Le rôle des intendants est primordial pour la mise en place d'une médecine compétente et pour la diffusion des règles de santé publique. Parmi les exemples de cette politique, on trouve l'attention portée aux soins des militaires ou l'envoi de sages-femmes dont le statut est étroitement contrôlé par le pouvoir. En général, on naît à la maison et on y meurt aussi. Les malades sont quant à eux soignés dans des hôpitaux semblables à ceux d'Europe : on y trouve la salle des hommes et celle des femmes ainsi qu'une chapelle dont l'autel doit être visible de tous les malades. Les hôtels-Dieu et les hôpitaux généraux de Québec, Montréal et Trois-Rivières sont créés et tenus par des communautés religieuses féminines; ils accueillent, en plus des malades, les pauvres, les mendiants et les vieillards qui sont aussi tenus d'effectuer des travaux. La majorité des produits d'origine végétale et minérale de la pharmacopée canadienne sont d'origine française; certaines plantes indigènes et pratiques amérindiennes sont intégrées au cours de la période.

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La médecine
Plan, profil et élévations de l'hôpital de Louisbourg, signé Étienne Verrier, ingénieur, 1725.
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